本局設左列各組、室、隊、分局、支局：
一、進口組。
二、出口組。
三、稽查組。
四、倉棧組。
五、緝案處理組。
六、保稅組。
七、總務室。
八、法務室。
九、資訊室。
十、人事室。
十一、會計室。
十二、政風室。
十三、機動巡查隊。
十四、前鎮分局。
十五、中興分局。
十六、加工出口區分局。
十七、高雄機場分局。
十八、中島支局。
前項各組、分局之下得設課，各室、支局及課得設股，隊得設分隊辦事。