機動巡查隊掌理抽 (複) 查及巡邏事項。分設四隊，各分隊之職掌如左：
一、抽 (複) 驗進 (出) 口及轉運 (口) 貨物 (櫃) 。
二、複驗入 (出) 境旅客、船機人員行李。
三、抽 (複) 驗進 (出) 口郵包。
四、抽 (複) 查進 (出) 口船舶、航空器。
五、抽查私貨倉庫、逾期貨倉庫貨物。
六、抽查免稅商店及保稅倉庫貨物。
七、抽查海關管理保稅工廠保稅原料、半成品、在製品及成品。
八、處理密報案件。
九、日、夜間機動巡邏轄區水域、碼頭、倉庫及貨櫃集散站。
十、其他交辦、協辦事項。