新竹科學工業園區支局掌理區進、出口貨物之通關、各項保稅貨物之監管
等事項。分設六股，各股之職掌如左：
一、總務股：
(一) 各項報表之造送及稅費之解庫。
(二) 內銷專案免稅案件之處理。
(三) 擔保記帳、押金案件之處理。
(四) 擔保品之處理。
(五) 一般行政管理事項。
二、分估股：
(一) 連線應審免驗及應審應驗進、出口報單收單、建檔、分類估價及放
行。
(二) 代徵各項稅費之核算。
(三）國內各機關委辦事項之審核。
(四) 其他業務費之計算及規費之徵收。
(五) 稅費繳納證之核發、登錄。
(六) 連線應審免驗及應審應驗進、出口貨物放行後報單之更正。
三、驗貨股：
(一) 園區事業進、出口貨物之查驗。
(二) 園區事業進、出口郵包之查驗。
四、審核股：
(一) 進、出口免審免驗報單之收單及更正。
(二) 放行後進、出口報單之審核。
(三) 進、出口報單副本之核發、補發及更正。
(四) 轉運申請書整理、核銷。
(五) 報單之點收、整理、保管、借調及銷毀。
五、稽查一、二股：
(一) 園區事業保稅帳之稽核。
(二) 園區事業區內交易申報書之審核。
(三) 園區事業產品單位用料清表之審核。
(四) 園區事業辦理年度盤點之審核。
(五) 盤存統計表、結算報告表之審核。
(六) 園區事業呆廢料及下腳銷毀案件之審核。
(七) 園區事業保稅物資私運出區案件之處理。
(八) 出口保稅貨物之押運。
(九) 園區進、出口貨棧及保稅倉庫之監管。