查緝處掌理有關查緝法令及查緝業務之處理事項。分設四科，各科之職掌
如下：
一、第一科：
(一) 查緝法令之整理、研修。
(二) 查緝法令適用疑義之解釋。
(三) 出入境旅客通關之相關業務。
(四) 保育類野生動物法令之解釋。
(五) 限制或解除欠稅人或欠稅營利事業負責人出境案件之擬辦。
(六) 本處公文之收發、稽催、歸檔。
(七) 專案交辦事項。
二、第二科：
(一) 執行查緝方案之研擬及處理。
(二) 防止冒用優良廠商報關查對系統之相關業務。
(三) 與國內其他協緝單位之連繫協調。
(四) 有關經濟犯罪之相關業務。
(五) 彙總清關相關業務。
(六) 策略聯盟相關業務。
(七) 自備封條認證相關業務。
(八) 查緝表報及重大緝案簡報之處理。
(九) 小三通相關查緝業務。
(十) 上級交辦事項。
三、第三科：
(一) 情資通報系統相關業務。
(二) 進出口廠商及異狀廠商資料之分析。
(三) 專家特定檔進出口個案資料維護。
(四) 出口廠商受處分降級控管。
(五) 國際走私情報之交換及處理。
(六) 走私漏稅密報案件之處理。
(七) 防止侵害智慧財產權物品或其他仿冒品輸出入之相關業務。
(八) 出口貨物有關之查緝業務。
(九) 快遞機放查緝業務。
(十) 主動赴市面、各關稅局等蒐集情資。
(十一) 上級交辦事項。
四、第四科：
(一) 專家系統相關業務。
(二) Ｃ１ (免審免驗) 報單抽核相關業務。
(三) 海關查緝走私情報系統相關業務。
(四) 經濟部商業司工商資料庫查詢相關業務。
(五) 進出口廠商分類分級標準之訂定。
(六) 進出口廠商檔之維護與廠商分類分級案件之處理。
(七) 廠商守法評估標準之訂定與處理。
(八) 高危險群資料之處理。
(九) 海、空運進出口Ｃ１ (免審免驗) 報單抽審篩選條件之機動運作。
(十) 進出口報單五年資料庫之運用與分析。
(十一) 專家特定檔資料維護、回饋系統之建置與分析。
(十二) 專家系統管理報表之製作與分析。
(十三) 上級交辦事項。