稽核科掌理各稅案件之覆核事項。職掌如下：
一、營利事業所得稅結算申報案件、清決算申報案件之覆核。
二、營業稅相關案件之覆核。
三、綜合所得稅之執行業務所得及其他所得案件、個案調查案件之覆核。
四、遺產及贈與稅案件之覆核。
五、查緝案件之覆核。
六、貨物稅申報案件之覆核。
七、外僑所得稅案件、遺產及贈與稅櫃台化作業案件、證券交易稅案件及
簡易違章裁罰案件之抽核。
八、各稅選核案件之移送、查詢、表報之整理移送。
九、其他上級交辦事項。