運輸署之承運權限如下：　
一、依據補給計畫，動 (復) 員計畫，部隊機動 (調防) 訓練計畫，訂頒
人員與補給品之配運計畫。
二、核發超過地區運輸單位承運權限之運輸許可。
三、接受外島及作戰區之運輸申請。
四、接受或臨時專案部隊人員、裝備、軍品之運輸申請。
五、接受部隊一旅、軍品八百零一噸、車輛五十一輛以上之運輸申請。