動員實施階段，由國防部、交通部、內政部、國防部陸軍司令部（以下簡稱陸軍司令部）、國防部海軍司令部（以下簡稱海軍司令部）、國防部空軍司令部（以下簡稱空軍司令部）、國防部憲兵指揮部（以下簡稱憲兵指揮部）及其他相關機關派員編成聯合運輸指揮部，負責統籌管制運用陸、海、空軍軍事運輸作業、國外物資接轉及協同管制運用。