撫慰金申請程序如左：
一、滯留大陸人員，原依臺灣地區與大陸地區人民關係條例施行細則第十條第一項規定，由直轄市、縣（市）政府出具名冊，經國防部核認者，應檢附國防部核認名冊，填具調查申請表，向所在地鄉（鎮、市、區）公所申請，報請直轄市、縣（市）政府，轉送國防部核辦。
二、早期返臺人員、徵僱用漁船民伕及未經國防部核認之滯留大陸地區人員，應填具調查申請表及切結書，檢附當事人之原戶籍資料及足資證明其身分文件，向所在地鄉（鎮、市、區）公所申請，由該公所審查無誤後，開具查證證明書，報請直轄市、縣（市）政府，轉送國防部核辦。
三、滯留大陸地區人員己返回臺灣地區者，除按前二款申請外，應另檢附初設戶籍謄本，並依戶籍謄本所載設籍日期，核算撫慰金。