軍法機關受理涉及國家機密之案件，得指派專責軍事檢察官或軍事審判官辦理。
案卷封面右上角應加蓋國家機密案件紅色戳記，並標示所涉國家機密等級、保密期限或解密條件及限閱字樣。由承辦軍事檢察官或軍事審判官負責卷證、資料保管。
保管國家機密卷證、資料，應存放於保險箱或具安全防護功能之金屬箱櫃內及裝置密鎖，並與其他案件之卷證、資料分別存放，未經機關首長或其指定人員許可，不得攜離辦公或指定處所。進出機密檔案存放場所之人員及物品，應予以管制，並造冊載明進出人員及物品之時間、目的。
因偵查、審理案件需要，軍法機關內部調借國家機密卷證、資料或檔案，應填具調卷單，經機關首長或其指定人員核准後，向保管人員調借。
其他機關或人員提供之國家機密或其複製物，無留存必要者，應不待案件終結，即行發還。
涉及國家機密卷證、資料之歸檔，依機密檔案管理辦法辦理之。
卷證、資料歸檔後，其他機關如有調借必要，應經原核定機關或其上級機關有核定權責人員書面授權或核准後，始得提供。