本學院設下列各處、室、中心，分別掌理下列事項，並得分科或組辦事：
一、教務處：掌理招生、註冊、課務、教材、學籍、編裝、資訊相關業務及其他教務等事項。
二、學員生事務處：掌理心理輔導、生活輔導、衛生保健、課外活動指導、愛國教育、輔導服務、軍紀監察、軍事安全、新聞處理及公共關係等事項。
三、總務及職業安全衛生處：掌理文書、人事、後勤、工程營建、採購招標、職業安全衛生及其他總務事項。
四、研究發展室：掌理研究發展、學術交流合作推動、委託研究計畫申請、推展專題研究、學術講座、推廣教育學分及非教育學分班等相關事項。
五、主計室：掌理歲計、會計及統計事項。
六、資訊圖書中心：掌理教學研究資料之蒐集及資訊服務提供等事項。
七、動物中心：掌理動物飼養、管理及提供動物實驗技術、資訊、人員訓練等事項。
本學院因教學、研究及推廣之需要，得報請國防部核定，調整或設立其他必要單位。