秘書處掌理事項如下：
一、印信典守、文書收發及外交郵袋之處理。
二、經費之出納與保管、薪資核發、採購及其他事務管理。
三、本部辦公廳舍、土地與其他財產之取得、管理配置、辦公廳舍與宿舍營（修）繕、工程施工查核、公務車輛之調度、汰換與管理及臺北賓館之管理、維護。
四、駐外機構國有財產管理、館舍及職務宿舍之購置、租賃與修繕、公務車輛汰換與管理之督導及考核。
五、本部所屬機關（構）依法令須報本部核准、核定、核轉、同意備查之採購、財物管理事項及工程施工查核。
六、工友（含技工、駕駛）及駐衛警之管理。
七、本部同仁調任、國外出差、受訓之公務機票核發及平安保險。
八、本部災害防治之聯繫及安全防護。
九、不屬其他各司、會、處事項。