勤務指揮中心掌理事項如下：
一、關於海上治安狀況之掌握、處置、指揮及管制事項。
二、關於緊急命令之傳達、治安事件之聯繫及治安情報之通報事項。
三、關於奉令調度人員、艦艇、指揮、支援及緊急事件之處置事項。
四、關於勤務之指揮、管制及調度事項。
五、關於執行海上勤務之協調聯繫事項。
六、關於無線電通訊諸元密語之編撰、管制事項。
七、其他有關勤務指揮中心業務事項。