人事室分設三科，各科掌理事項如下：
一、綜合人力科：
（一）關於組織編制訂（修）定之擬議事項。
（二）關於任免、遷調之擬議事項。
（三）關於動態登記、銓敘審定、試用期滿擬任送審事項。
（四）關於人事資料登記、管理、查詢統計、電腦輸入及建檔事項。
（五）關於工作簡化之規劃、執行、督導、考核事項。
（六）關於人事規章之執行事項。
（七）關於辦事細則之訂（修）定事項。
（八）關於職務歸系事項。
（九）關於申請後備軍人儘後（逐次）召集之核轉事項。
（十）其他有關人事計畫綜合事項。
二、考核給與科：
（一）關於考核、獎懲及各項勳章、獎章之核發事項。
（二）關於差假、勤惰之管理與辦理考績、考成、考核等事項。
（三）關於待遇、福利、保險、生活津貼、各項補助及輔建貸款事項。
（四）關於因公傷亡、殘疾之慰問、急難濟助等事項。
（五）關於退撫員工及遺眷之照護及慰問事項。
（六）關於員工申請赴大陸地區案件之核准事項。
（七）關於模範海岸巡防機關人員之甄選及表揚事項。
（八）關於申訴案件之規劃、執行事項。
（九）關於文康活動及慶生會之簽辦事項。
（十）關於首長、副首長、主任秘書以上人員之輪值事項。
（十一）其他有關人事考核給與事項。
三、心理諮商科：
（一）關於心理諮商輔導工作之規劃、執行、督導及考核事項。
（二）關於心理諮商刊物之蒐集購置與管理事項。
（三）關於心理諮商專長訓練、推廣、演講及座談之辦理事項。
（四）關於所屬各單位心理諮商個案研討、指導、協調及處理事項。
（五）其他有關心理諮商事項。