巡防組分設三科，各科掌理事項如下：
一、聯勤科：
（一）關於共同性巡防政策、巡防事務之彙整事項。
（二）關於巡防法規、準則、業務手冊之修（訂）頒綜整事項。
（三）關於岸際巡防與國防事務權責劃分之協調及聯繫事項。
（四）關於本組年度施政計畫之編列管制及年報相關資料事項。
（五）關於巡防業務之各項會議（報）綜整事項。
（六）關於本組預算編製、執行管制事項。
（七）關於全民防衛業務及配合國軍協同作戰演訓事項。
（八）關於立法院院會巡防類備詢資料及監察院巡察之巡防類資料綜合相
關事項。
（九）關於與行政院環境保護署協調聯繫、海洋污染處理裝備之維護及管
理事項。
（十）關於海岸地區救難（災）之相關事項。
（十一）關於本組人事、行政綜合、公文收發、管制、歸檔等作業事項。
（十二）關於本組不屬其他各科掌理事項。
二、岸勤科：
（一）關於岸際巡防勤務規劃指導、督導計畫之策頒及考核事項。
（二）關於岸際巡防任務演訓訓令策訂及督考事項。
（三）關於友軍單位有關海岸巡防任務之協調聯繫事項。
（四）關於所屬機關勤務部署指導、長官視導之協調事項。
（五）關於岸際巡防單位建案之審查及協調事項。
（六）關於岸際巡防相關研究發展、指導執行、督考 事項。
（七）關於海岸管制區範圍審查及會銜公告事項。
（八）關於特種警衛勤務之協調聯繫事項。
（九）關於岸巡單位調整之計劃、審核、協調及督（指）導事項。
（十）關於南沙指揮部人員、裝備運補之協調聯繫事項。
（十一）關於與空中勤務有關之協調聯繫事項。
（十二）關於巡防艇組及偵巡艇組勤務規劃指導、督導計畫之策頒及考核
事項。
三、訓練科：
（一）關於年度訓練計畫與各項訓練綱要計畫擬定、督導及指導事項。
（二）關於人員研習中心訓練計畫之協調事項。
（三）關於船艇專業訓練計畫擬訂與考照之協調、聯絡及管制事項。
（四）關於訓練（運動）場地、器材之建案、管制及指導事項。
（五）關於訓練用彈、用油之申請、撥發、運用及管制事項。
（六）關於服勤犬訓練、運用之管制及督導事項。
（七）關於射擊通報之轉發、核定及管制事項。
（八）關於訓練中、長程施政計畫之研擬、管制事項。
（九）關於水中求、救生及潛水訓練計畫擬訂與考照之協調、聯絡及管制
事項。
（十）關於海安演習事項。
（十一）關於特勤隊訓練、鑑測事項。
（十二）其他有關訓練事項。