情報處分設五科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於海巡情報偵防查緝政策及其中、長程發展計畫研擬及執行管制
事項。
（二）關於海巡情報偵防查緝工作年報資料彙編事項。
（三）關於情報偵防體系人事管理、遷調作業之審查、管制與建議事項。
（四）關於本署情報偵防查緝工作會報之規劃、召開及管制作業事項。
（五）關於情報預算編製及執行管制事項。
（六）關於海巡情報偵防查緝之教育訓練工作整體規劃、管制與督導、考
核事項。
（七）關於海巡工作績效考評及個案獎金複審、核發作業等事項。
（八）關於情報處不屬其他各科業務事項。
（九）其他有關情報處綜合、管理及行政事項。
二、第二科：
（一）關於涉外犯罪偵防案件之協調、調查與處理事項。
（二）關於與他國海上執法機關或相關機關建立情報交換管道及合作事項
。
（三）關於國際情報工作協調、督導、連繫與運用事項。
（四）關於國際情報協調會報之協調及執行管制事項。
（五）關於國際情報業務拓展所需外賓邀訪、禮賓接待及外事連絡事項。
（六）關於他國海岸巡防情報、偵蒐裝備資訊之蒐集、整理及提供事項。
（七）其他涉外情報事務相關事項。
三、第三科：
（一）關於查緝走私、非法入出國等犯罪偵防工作規劃與統合指導、協調
、支援及考核事項。
（二）關於行政院強化社會治安專案會議相關事項。
（三）關於防制走私、非法入出國等相關會報（議）之協調、分工及管制
事項。
（四）關於走私、非法入出國等犯罪態樣研析等事項。
（五）關於通訊監察業務之規劃、管制、督導及考核事項。
（六）關於海巡雷情業務之規劃、管制、督導及考核事項。
（七）關於本署犯罪偵防法制研議及相關書類之規劃、督導、考核事項。
（八）關於本署與司法、檢警機關之協調聯繫事項。
（九）其他有關偵防查緝及掃除黑金業務事項。
四、第四科：
（一）關於海巡情報工作之規劃、情蒐指導、情勢分析等事項。
（二）關於海洋事務情蒐工作之策劃、督導、研整及運用事項。
（三）關於反滲透工作之策劃、督導、研整、運用及偵處事項。
（四）關於安全情報、反情報工作之策劃、督導、研整及運用事項。
（五）關於安全情報、反情報、反滲透工作各項會報（議）之協調、分工
及管制事項。
（六）關於水文、海象、漁汛及海圖、地圖等資料整備之規劃運用事項。
（七）關於臨時收容人犯管理及清詢、移送作業之規劃、督導、考核事項
。
（八）其它有關情報研整事項。
五、第五科：
（一）關於諮詢工作之規劃執行與統合指導、支援及考核事項。
（二）關於海巡服務工作之規劃及督導、考核事項。
（三）關於海域、海岸預防犯罪工作之規劃及督導、考核事項。
（四）關於海巡情報偵防資訊工作之規劃、督導、考核事項。
（五）關於衛照、空照（偵）業務之整體規劃、運用事項。
（六）關於海巡偵蒐裝備之規劃及督導、考核事項。
（七）關於與政府、民間機關（構）間相關資料庫共享協調管制及督導、
考核事項。
（八）關於海巡偵防管理系統需求規劃、管理及基礎資料輸鍵之督導、考
核事項。
（九）關於本署機密網路規劃、建置、管理之督導、稽核事項。
（十）關於全員情報工作之規劃與統合指導、支援及考核事項。
（十一）其他有關諮詢、海巡服務、情報資訊、偵蒐裝備、全員情報與衛
（空）照及預防犯罪等事項。