申請案件之處理程序如下：
一、公地管理機關應將申請文件送請招墾機關協助審查承墾人是否經核准承墾並已依限實施開墾；承墾土地標示不明者，並應由招墾機關查明。
二、招墾機關審查後，將審查意見連同相關證明文件移回公地管理機關。
三、公地管理機關應查明該土地是否因軍事原因，致承墾人或其繼承人未能繼續耕作取得所有權；該公地管理機關如非屬軍事機關，得將申請案件移送國防部或當地軍事機關協助查明。
四、承墾土地經查明符合規定者，公地管理機關應於三十日內核定補償費並通知申請人；其不符合規定者，應敘明理由函復申請人。
五、公地管理機關應自核定補償費函復申請人之日起二年內，通知申請人領取補償。
經通知領取補償費之申請人，應於受通知之日起三個月內領取，屆期未領取者，由公地管理機關依法提存。
第一項第三款承墾土地是否因軍事原因，致承墾人或其繼承人未能繼續耕作取得所有權之認定，如有爭議時，得由招墾機關邀集公地管理機關及國防部（或當地軍事機關）組成專案小組調查處理。