土地管理處分設三科，各科掌理事項如下：
一、規劃開發科：
(一) 原住民族土地之規劃、協調及審議事項。
(二) 原住民族土地增編、劃編與解編之規劃、協調之審議事項。
(三) 原住民族自治區土地與保留區土地之規劃與建設計畫之審議、協調
事項。
(四) 原住民族土地相關法規之研議及協調事項。
(五) 原住民族土地資訊系統之規劃事項。
(六) 其他有關原住民族土地規劃開發事項。
二、管理輔導科：
(一) 原住民族土地地籍整理、地權管理、土地利用之規劃、協調及督導
事項。
(二) 原住民族土地重大開發利用之審議事項。
(三) 原住民族土地由非原住民使用之土地處理相關配合事項。
(四) 原住民族土地流失之防止、收回、改配及一般管理事項。
(五) 原住民族土地權利取得事項。
(六) 其他有關原住民族土地管理輔導事項。
三、土地利用科：
(一) 原住民族土地開發、利用與自然資源開發、利用、經營、保育之規
劃、協調及督導事項。
(二) 原住民族土地共同合作、委託經營之規劃、推動及輔導事項。
(三) 原住民族土地可利用限度查定、調整、規劃及輔導事項。
(四) 其他有關原住民族土地利用事項。