海務科職掌如下：
一、協助海上交通秩序之管制及維護事項。
二、協助海上船舶部撞蒐證及其他海上糾紛之蒐證、處理事項。
三、協助海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。
四、協助海洋災害之救護事項。
五、協助漁業權及漁業秩序之維護事項。
六、協助海洋環境保護及保育事項。
七、協助海洋氣象科學調查研究事項。
八、其他有關海務業務事項。