保育研究課之職掌如左：
一、關於本區域內保育研究計畫之研擬、執行及監督事項。
二、關於本區域內自然資源、人文史蹟之調查、研究、監督及管理事項。
三、關於本區域內生態保護區、保育研究之經營、管理事項。
四、關於本區域內列為瀕臨絕種或珍貴稀有之野生動物、植物復育計畫研
擬及執行事項。
五、關於本區域內各種標本採集、製作、建議與管理事項。
六、關於本區域內盜採、盜伐、盜獵及毀損資源、景觀等違法行為之處理
、復舊與監督事項。
七、其他有關保育研究事項。