主任秘書承總隊長、副總隊長之命，處理事務，其權責如下：
一、本總隊重大隊務之建議事項。
二、各單位業務之協調、督導及策進事項。
三、各單位文稿之綜核及文書處理之督導事項。
四、業務研究發展與管制考核之策劃及督導事項。
五、機要工作之處理及督導事項。
六、重要會議之籌辦事項。
七、總隊長、副總隊長交辦事項。