保育研究課之職掌如左：
一、關於本國家公園區域內自然生態體系調查登錄與研究事項。
二、關於本國家公園區域內地形、地質、人文史蹟調查登錄與研究事項。
三、關於本國家公園區域內瀕臨滅絕及稀有之野生動物、植物復育計劃執
行事項。
四、關於本國家公園區域內森林之保育計劃研擬與實施事項。
五、關於本國家公園區域內自然景觀及人文史蹟之保護計劃研擬與實施事
項。
六、關於本國家公園區域內保育觀測研究站之管理事項。
七、關於本處圖書期刊資料之建立管理事項。
八、其他有關保育研究事項。