法院對涉及國家機密案件，應依下列方式辦理：
一、於卷面標示所涉及國家機密等級、保密期限或解密條件及「限閱」字樣。
二、涉及國家機密之法庭錄音、錄影與筆錄，應另以密封卷保存，並由承辦人員簽名及加註日期，拆閱後重新密封時，亦同。
三、國家機密文書之分文（分辦）、陳核（判）、送會、送繕、退稿、歸檔等流程，由承辦人員親自持送或裝入保密箱中傳送。
四、審理時，程序不公開之，並得令無關人員退庭。
五、認對質或詰問有洩漏國家機密之虞者，得依職權或聲請拒絕或限制之。
六、聲請閱覽、抄錄或複製案卷，書記官應於給閱前將涉及國家機密部分抽出，俟閱卷後再附卷保管。但依本法第十四條規定經原核定機關或其上級機關有核定權責人員書面授權或核准者，不在此限。
七、裁判書類繕校用印時，由承辦人員自行或派專人持往辦理；監印人員憑主管簽署用印，不得閱覽其內容。承辦人員於蓋印文件及底稿最末一頁左下角加蓋私章，以明責任。
八、絕對機密不得複製，其餘等級之國家機密，如有複製必要，應委請原核定機關依本法第十八條規定複製後交付。
九、裁判書類公示時，不得揭露國家機密，亦不得使人足以知悉其內容。但公示時已解密者，不在此限。
十、廢棄之涉及國家機密裁判書類稿件、文書或物品，相關人員應立即銷毀，必要時得會同政風人員共同銷毀。
十一、涉及國家機密之文書之傳遞，應指派專人送達，不宜以電子公文交換或傳真。
十二、其他必要之保密措施。