秘書室辦理左列事項：
一、關於覆核文稿事項。
二、關於重要文件之核閱提陳分配事項。
三、關於機要文件之收發、撰擬、翻譯、繕校事項。
四、關於審核會議、處務會報事務之辦理及決議案之分行事項。
五、關於審計 (核) 會議、部 (處) 務會務、業務擴大會報所決定事項及
長官指示事項執行之管制考核陳報事項。
六、關於監察院委員每年巡察福建省政府、金門縣、連江縣政府各機關，
本處提供參考資料彙編事項。
七、關於本處年度施政 (工作) 計畫與工作報告及中華民國年鑑審計部分
稿件之彙編事項。
八、關於本處各單位年度施政計畫工作項目執行進度及成果之管制考核彙
報事項。
九、關於本處審計業務之研究事項。
十、關於本處內規之研擬、修訂、整理及會核事項。
十一、關於本處電子處理資料作業之研究發展與輔導及機器與磁碟等之維
護、管理事項。
十二、關於審計實錄彙編事項。
十三、關於新聞剪報及本處對外新聞聯繫與發布事項。
十四、關於本處文書稽催事項。
十五、關於本室資料檔之建立及保管事項。
十六、處長、副處長交辦事項。