偶蹄類動物運入澎湖地區供飼養者，其所有人或管理人應於運入前填具申請書，檢具免疫證明文件、來源場之動物來源證明文件及所在地動物防疫機關出具之動物健康證明文件，向行政院農業委員會動植物防疫檢疫局臺中分局澎湖檢疫站（以下簡稱澎湖檢疫站）申請檢查。
豬隻由指定肉品市場運入澎湖地區供屠宰者，其所有人或管理人應於起運前填具申報書，並檢附拍賣證明文件，傳真供澎湖檢疫站申報書面檢查。
豬隻以外之偶蹄類動物由指定肉品市場運入澎湖地區供屠宰者，其所有人或管理人應於起運前填具申請書，傳真澎湖檢疫站申請檢查；並於運抵後，檢具拍賣證明文件申請檢查。