本部為加強研發成果之運用，得對非本部或所屬機關（構）之執行單位進行第十一條管理制度之評鑑。通過評鑑者，除第七條所定情形外，研發成果歸屬其所有。
執行單位通過行政院其他部會辦理研發成果管理制度之評鑑，得出具通過評鑑之證明，向本部申請免除已符合第十一條管理制度之評鑑項目。
本部每三年或認有查核之必要時，可對通過評鑑之管理單位進行第十一條管理制度之追蹤評鑑。
管理單位未通過前項追蹤評鑑者，本部應以書面廢止其評鑑通過之處分，並依下列規定辦理：
一、原通過評鑑期間之研發成果仍歸屬其所有，並應依本辦法規定辦理管理及運用；研發成果收入應依第三十條第一項第三款規定辦理。
二、廢止評鑑通過後之研發成果，應歸屬資助機關所有。