查驗登記申請案審核通過者，於申請人繳納證書費後，由中央主管機關發給健康食品許可證；其有效期限為五年，效期屆滿前三個月內得申請展延；屆期未申請或不准展延者，原許可證自動失效。
健康食品許可證未申請展延致逾有效期限者，得於期限屆至後六個月內，檢具完整樣品及下列文件、資料，並依本辦法相關規定繳納費用，重新申請查驗登記：
一、申請書表。
二、產品原料成分規格含量表。
三、產品之保健功效成分鑑定報告及其檢驗方法。
四、產品製程概要。
五、良好作業規範之證明資料。
六、產品衛生檢驗規格及其檢驗報告。
七、一般營養成分分析報告。
八、產品包裝、標籤及說明書。
九、申請者公司登記或商業登記之證明文件。
十、原許可證正本。
原依本法第三條第一項第一款規定發給許可證者，必要時，中央主管機關得另要求檢附產品之安全評估報告、保健功效評估報告、安定性試驗報告及相關研究報告文獻資料。
原依本法第三條第一項第二款規定發給許可證者，必要時，中央主管機關得另要求檢附產品之安定性試驗報告。
依第二項規定重新申請查驗登記者，除有必要外，免送交衛生福利部食品藥物管理署健康食品審議小組複審，亦免送驗確認。