航政機關於簽發高速船航行許可證書時，應以該船預期最壞條件，於航行許可證書上簽註操作限制。航行許可證書簽發及其有效期間準用簽發高速船安全證書規定。
允許船速與有義波高之關係應於船舶操作手冊中載明，並於駕駛臺張貼。
高速船新增或變更航線，船舶所有人、營運人或船長應檢具更新後之航路操作手冊及擬從事航線上之試航報告向航政機關申請核發或換發航行許可證書。但原證書上核准之營運區域或航線已涵蓋擬從事之航線，得免除試航。
高速船不得於航行許可證書、安全證書或有關文件規定之預期最壞條件與各種限制範圍外營運。但突遇天候變化、遇險或救難等特殊情形，不在此限。