運務處職掌如左：
一、各輪船期之編排控制事項。
二、各輪裝卸作業之督導事項。
三、各輪配艙、積載之安排督導事項。
四、貨櫃碼頭及集散場站之安排、設置及其管理運營之監督事項。
五、集貨船之安排與簽約事項。
六、各地區內陸運輸之安排連繫事項。
七、各輪航行運務之安排及添加油水之連繫事項。
八、貨櫃調配計劃之擬訂與管理事項。
九、貨櫃與車架及其相關設備之租賃、管制與調度事項。
十、貨櫃與車架及其相關設備租金、滿責費之審核事項。
十一、船用貨櫃繫具之管理事項。
十二、海上保險與理賠之處理事項 (含貨櫃及相關機具設備) 。
十三、貨物短損、理賠與訴訟之處理事項。
十四、代理行之約定事項。
十五、船務代理工作之辦理事項。
十六、其他有關運務事項。