園區事業應每年盤存一次，每二年會同會計師盤存一次。但經海關認證為安全認證優質企業或保稅帳冊製作完善，保稅貨品管理健全之園區事業，得於會同會計師盤存之年度盤存日或盤存期限屆滿日一個月前，向海關申請免會同會計師盤存。
盤存日期距上年度盤存日期最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月；有特殊情形、事先報經海關核准者，得酌予提前或延長之；海關及管理局認有必要時，得隨時予以盤存。
前項盤存，其未經抽查之項目事後發現錯誤或漏列，且未移往課稅區前，機器設備應於盤存後一個月內向海關申請複查；其餘貨品應於盤存後二週內向海關申請複查，屆期不予受理。
園區事業應於盤存後三個月內根據盤存清冊編製保稅貨品盤存統計表及結算報告表，連同在製品、半製品、成品盤存數折合原料分析表及內外銷成品折合原料分析表，送請海關審核。但有特殊原因，經申請海關核准者，得延長一個月，並以一次為限。
園區事業以研究發展為主要業務且保稅貨品僅有機器、設備者，免會同會計師盤存。
依第一項會同盤存之會計師，以依會計師代理所得稅事務辦法規定核准登記為稅務代理人有案之會計師為限。
具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，於年度盤存，其由會計師辦理及簽證者，得免會同海關辦理。由會計師簽證之年度結算報告表，海關得免審核。