總務室掌理有關印信、文書、庶務、出納、企劃、考核及公共關係等事項
。分設八股，各股之職掌如左：
一、機要股：
(一) 本局機密文書之收文、分文處理。
(二) 印信典守。
(三) 籌辦本局業務檢討會。
(四) 編製報表。
(五) 其他臨時交辦事項之處理。
二、文書股：
(一) 本局文書之總收發。
(二) 本局文書之繕印及校對。
(三) 其他例行文書事項之處理。
三、檔案股：
(一) 歸檔文卷之點收、整理銷號、保管。
(二) 檔案之調內管理。
(三) 檔案之清理銷毀。
四、公共關係股：
(一) 本局業務各類鋤報之編撰、製作。
(二) 關務新聞之發布。
(三) 新聞媒體之聯繫。
(四) 來賓參觀訪問之接待及安排。
(五) 公務攝影及管理。
(六) 說明並輔導商民辦理各項報關納稅手續。
(七) 解答詢問有關通關法令及疑難問題。
(八) 其他屬於為民服務性質之各項關務服務事項及上級交辦事項。
五、企考股：
(一) 年度施政計畫之編擬。
(二) 研究發展業務之推行。
(三) 分層負責辦事明細表及工作手冊修編之彙辦。
(四) 辦理業務考核，參與資訊作業內部稽核。
(五) 公文處理時效之管制及考核。
(六) 人民陳情案件之列管。
(七) 為民服務工作計畫之擬訂、推行、宣導、問卷調查、考核與受核。
(八) 其他企考事項及上級交辦事項。
六、出納股：
(一) 經費之出納。
(二) 出納帳務登錄、報表之編製及國庫核帳清單之核對。
(三) 零用金之保管、支付及請撥。
(四) 本局員工、工讀生薪資之發給及差旅費、加班費、獎金之發放。
(五) 所得稅扣繳申報事項。
(六) 退押及退稅出納事項之執行。
(七) 規費證之請領保管及委託發售。
(八) 員工福利金帳務處理。
(九) 貨物稅查驗證之請領、保管及核發。
(十) 其他有關出納事項。
七、事務股：
(一) 勞工各項保險。
(二) 財產管理。
(三) 物品採購。
(四) 車輛管理。
(五) 技工、工友管理。
(六) 辦公處所之管理。
(七) 宿舍管理。
(八) 集會管理。
(九) 員工互助案件之審核與核發。
(十) 員工置屋貸款。
(十一) 制服管理。
(十二) 安全管理。
(十三) 關務圖書資料之蒐集、整理、借閱、保存。
八、營繕股：
(一) 本局資本門新建工程之辦理。
(二) 本局修繕工程之辦理。
(三) 其他有關營繕事項。