保稅退稅處掌理有關保稅、退稅法規之研究建議及外銷品進口原料保稅沖
退稅之核辦事項。分設三科，各科之職掌如左：
一、第一科：
(一) 保稅工廠業務。
(二) 保稅倉庫業務。
(三) 加工出口區與海關有關之業務。
(四) 科學工業園區與海關有關之業務。
(五) 免稅商店業務。
(六) 保稅法規之研究建議。
(七) 物流中心業務。
(八) 其他有關保稅業務事項。
二、第二科：
(一) 外銷品沖退稅案件之核辦。
(二) 外銷品出口虛報案件溢退稅額之核辦。
(三) 復運進口外銷品已沖退稅額之核辦。
(四) 以不正當方法請求退稅案件之處理。
(五) 外銷品沖退稅行政救濟案件之處理。
(六) 外銷品原料核退標準之管理。
(七) 外銷品沖退稅法規之研究檢討及建議事項。
(八) 改進退稅業務事項。
(九) 其他外銷品沖退稅事項。
三、第三科：
(一) 已核定外銷品沖退稅案件之複核及已辦結案件之複核。
(二) 定額定率退稅率表之編訂。
(三) 沖退稅辦結案件之管理。
(四) 沖帳、退現及補稅帳務報表之核對更正。
(五) 記帳稅款應補徵案件之處理。
(六) 申請分期繳納稅捐及滯納金案件之處理。
(七) 逾期欠繳稅款案件之處理。
(八) 申請展延沖退稅期限案件之核辦。
(九) 自行具結廠商申請增加記帳額度之核辦及換保案件之處理。
(十) 外銷品沖退稅捐申請書之收件、登錄。
(十一) 廠商查詢事項之解答。
(十二) 一般行政管理事項。