法務二科掌理綜合所得稅、遺產及贈與稅、證券交易稅、期貨交易稅、特
種貨物及勞務稅行政救濟、違章處理等事宜。分設三股，各股之職掌如下
：
一、行政救濟一股、二股：
（一）復查案件之處理。
（二）稅捐之行政處分訴願、行政訴訟案件之答辯、出庭及上訴。
（三）其他有關行政救濟案件案例之分析及研究改進事項。
二、違章管制股：
（一）違章案件之審理及裁罰。
（二）裁罰案件更正之審理及核定。
（三）辦理裁罰審議小組決議事項。
（四）公文收發及案件之管制、催辦。
（五）績效之統計。
（六）復查委員會及裁罰審議小組之提會相關事宜。
（七）其他行政事項之處理。