署長綜理署務，其權責如左：
一、國稅稽徵業務之指揮、監督、考核及省 (市) 縣 (市) 稅稽徵業務之
督導、考核。
二、工作計畫與工作報告編擬之指示及決定。
三、概算編製、預算分配及經費動支之決定。
四、業務之分配、調整及改進。
五、重要公文、文稿之批閱及核判。
六、重要案件變更處理方式之決定。
七、重要會議之主持與參加。
八、所屬人員派免、考核、獎懲之核定、核轉。
九、其他重要公務之處理。