總督察長室掌理事項如下：
一、國防督考政策與制度、施政風險管理制度、施政績效、專案督考之研究、規劃、督導、評核、執行及建議。
二、重大施政指示、立法院與監察院審議意見、重大會議議決事項及國防施政列管案件之督導。
三、國防施政研考有關國防資源、資訊與研究發展等計畫至執行之督考成效評估、制度革新、策進案建議及年度國防施政督考總報告之編纂。
四、本部與所屬機關重大施政議題之評估、管制建議與相關業務之承轉、督導及考核。
五、國軍戰術、技術督察政策及督察會報之規劃；執行重大飛行、航行、地面及裝備安全事件復查；作戰時納編指揮中心作業及督導執行三軍聯合作戰。
六、國軍監察人員人事、教育、軍風紀維護及監辦之政策擬訂；國軍監察相關法令之研擬及釋義。
七、本部所屬機關（構）、部隊與直屬單位監察（參）官、監察主管之人事經管、調任及考績事項之規劃執行。
八、國軍軍紀教育之規劃、督導；平、戰時國軍軍紀狀況彙整、分析及報告；訂頒軍紀要求、指示與國軍各級部隊軍紀安全評核審查及績點核撥。
九、受理重大軍風紀、申訴、陳情、檢舉及輿情案件之分辦；立法院、監察院有關軍風紀事項之綜辦；重大採購、研發、生產軍事投資案件之監辦與協調、督導及考核。
十、國軍財務專案督察之規劃、執行、考核及建議。
十一、其他有關督察事項。