後勤處分設四科，各科掌理事項如下：
一、裝備科：
（一）關於後勤政策研究發展擬定事項。
（二）關於後勤施政計畫彙編與預算執行、管制及成效檢討分析事項。
（三）關於後勤法規及作業程序之訂定、修正事項。
（四）關於後勤各項資料統計分析與裝備整備事項。
（五）關於國有財產產籍管理政策規劃及督考事項。
（六）關於本處不屬其他各科事項。
二、採購科：
（一）關於採購法令、政策之訂定、修正建議及法律問題協調、糾紛處理
事項。
（二）關於採購案件規劃、管理及運用事項。
（三）關於採購業務督（輔）導、檢查及教育訓練事項。
（四）關於商情蒐集及底價建議作業事項。
（五）關於投標廠商異議、申訴之處理事項。
（六）關於招標、開標、合約簽署作業事項。
（七）關於採購案件驗收程序、付款結案及履約爭議處理事項。
（八）關於共同供應契約電子採購系統下訂及訂單管理事項。
（九）關於本署科技裝備採購審查會設置及執行相關作業事項。
（十）其他有關採購事項。
三、補給保修科：
（一）關於後勤類裝備補保預算彙編與籌補之策劃及推展事項。
（二）關於後勤類裝備維保與管理政策規劃及推展事項。
（三）關於運輸（陸運、水運、空運）業務政策規劃與推展事項。
（四）關於服裝、糧秣、油料、辦公及生活設備管理政策事項。
（五）關於服勤犬業務政策規劃及推展事項。
（六）關於車輛派用政策規劃及推展事項。
（七）關於醫療保健政策、衛生勤務管理政策與預算編列、執行事項。
（八）關於署部之人員服裝、車輛用油採購、車輛管理等業務執行、推展
及督導事項。
（九）關於本署艦艇建造及發展審查會設置、執行相關作業事項。
（十）其他有關補給保修事項。
四、營產工程科：
（一）關於營繕工程政策、法規、整體規劃設計審核與督考事項。
（二）關於後勤重要設施投資建案工作計畫審核與督考事項。
（三）關於水電供應等業務督考事項。
（四）關於不動產管理政策、法規之訂定與督考事項。
（五）關於不動產獲得（購買、撥用、徵收、接收、租賃、借用）、管理
、處分等督考事項。
（六）關於不動產陳情案件（糾紛處理）之協調與督考事項。
（七）關於環保業務之協調及督考事項。
（八）關於本署廳舍建案審查會設置及執行相關作業事項。
（九）其他有關不動產及營繕工程管理事項。