直轄市政府一級單位下設科、組、室，最多不得超過九個，科下並得設股。
直轄市政府所屬一級機關內部單位為科、組、室、中心，其下得設課、股；所屬二級機關內部單位為科、組、室、課，科、室下得設股。但為執行特殊性質業務者，得設廠、場、隊、站。
本準則中華民國九十九年六月十四日修正之條文施行前，已設立之臺北市政府所屬一級機關內部單位名稱為處者，得維持原名稱；九十九年十二月二十五日合併改制前之高雄市政府所屬一級機關內部單位名稱為處，於合併改制後仍設相同單位者，亦同。
第二項機關為執行業務需要所設派出單位之名稱，不受該項規定之限制。
直轄市政府所屬一級機關內部輔助單位不得超過六個；所屬二級機關內部輔助單位不得超過五個。
警察及消防機關，不適用前五項規定。