一、轉口之貨櫃，無須加裝、分裝或改裝者，於卸存期間，不得拆櫃卸貨進倉。

二、海運轉口貨櫃（物），經由海運轉運出口者，除經海關派員押運或核准加封電子封條外，不得進儲內陸集散站，亦不得以內陸運輸方式運送至其他港口辦理出口。

三、武器、彈藥、毒品等轉口貨櫃（物），限由原進口之港口或機場轉運出口。另菸、酒、武器、彈藥、毒品及麻醉藥品等轉口貨櫃（物）限進儲於卸船之港口集散站。

四、集散站或碼頭專區，應劃定特別區域，用以堆置轉口之貨櫃，且不得與裝運進出口貨物之貨櫃相混雜，必要時，海關得要求加設隔離設施。但其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。

五、轉口貨櫃卸存集散站或碼頭專區時，運輸業者應依海關核發之卸貨准單及特別准單，憑以卸船及進儲。轉運出口時，運輸業者或承攬業者應以轉運申請書向海關申請核發轉運准單，或逕依海關指示通知辦理出站及裝船手續。

六、轉口之海運貨櫃須加裝、分裝或改裝作業後轉運出口者，得依規定以下列方式之一辦理：

（一）運輸業者或承攬業者應事先以書面向海關申請裝櫃核准後，並經關員監視下，於集散站（或碼頭專區）內之轉口倉庫、轉口倉間或其他經海關核准之場所辦理。但倉儲業者及運輸業者，或倉儲業者及承攬業者為安全認證優質企業，且事先以書面方式聯名向海關報備者，得逕行於集散站（或碼頭專區）內之轉口倉庫或轉口倉間辦理，必要時，海關亦得派員查核。作業完成後，憑相關文件向海關申請更正進（轉）口貨物艙單，以辦理後續轉運申報或出口裝船等通關程序。

（二）運輸業者或承攬業者辦理多國貨櫃（物）集併作業，貨物應進儲海關核准場所，並依序辦理轉運出口及裝櫃申請，經海關核准始得辦理裝（併）櫃作業，如海關發出指示通知者，集散站業者應配合辦理。

七、非櫃裝轉口貨物須於散裝碼頭進口貨棧內之轉口倉庫、轉口倉間或其他海關核准之場所裝櫃者，應事先以書面載明貨物品名、數量，向海關申請，經核准後，於關員監視下辦理裝櫃；裝櫃完成後應即加封，並申辦移儲至港口集散站轉口櫃專區或碼頭專區，但移儲於同一區段碼頭內者，免填貨櫃（物）運送單。

八、經海關核准轉運之轉口貨櫃（物），除海運轉口貨櫃（物）經由海運轉運出口者外，其須打盤、裝櫃者，海關得核准直接運往儲存一般出口貨物之貨棧、港口或內陸集散站，在關員監視下，辦理打盤、裝櫃作業。