海務組分設三科，各科掌理事項如下：
一、海洋事務科：
（一）關於執行海上交通秩序管制及維護之規劃、督導事項。
（二）關於執行海上船舶碰撞處理之規劃、督導及考核事項。
（三）關於執行海難搜救及緊急救護之規劃、督導及考核事項。
（四）關於執行臺灣地區與大陸地區關係事務之規劃、督導及考核事項。
（五）其他關於海域事務之規劃、執行、督導及考核事項。
二、海洋保育科：
（一）關於執行海洋災害救護之規劃、督導及考核事項。
（二）關於執行漁業巡護及漁業資源維護之規劃、督導及考核事項。
（三）關於執行海洋資源保護及保育之規劃、督導及考核事項。
三、海洋資訊科：
（一）關於航船佈告、射擊通報等海上航行安全資訊之處理、通報、交流
事項。
（二）關於海洋資訊之蒐集、推廣事項。
（三）關於協助海洋氣象科學調查研究之規劃督導事項。
（四）關於水文、海象、漁訊及海圖等資料之整備、建立與分配事項。
（五）關於資訊系統業務之規劃、執行、督導及考核事項。
（六）關於資訊網路環境、資料庫檔案之規劃、設計、建置與管理維護事
項。
（七）關於機關網頁之建置與資料更新事項。
（八）關於資訊系統設備之補保、維護事項。
（九）關於無線電通信、電子（含雷達、衛星）監控系統設備鏈路整合之
規劃、執行及維護事項。
（十）關於有線電通信系統之規劃、管理、保養、維修等事項。
（十一）其他有關海洋資訊之相關事項。