民防總隊由直轄市、縣（市）政府編組，綜理轄內全般民防任務，其編組如下：
一、置指揮官一人，由直轄市、縣（市）政府首長兼任，綜理總隊務。
二、置副指揮官二人，一人由直轄市、縣（市）政府副首長兼任；一人由指揮官遴選具有領導能力之熱心人士擔任，襄理總隊務。
三、置執行長一人，直轄市由直轄市政府秘書長、縣（市）由縣（市）政府主任秘書兼任，承指揮官之命，辦理轄內全般民防任務。
四、置副執行長若干人，由直轄市、縣（市）政府業務相關局、處長兼任，首席副執行長由警察局長兼任，負責辦理民防團隊之任務編組、訓練、演習、服勤等事項。
五、置顧問若干人，由民防總隊遴聘熱心人士擔任，協助推展民防事務。
六、設秘書作業組，置總幹事、副總幹事各一人，由直轄市、縣（市）政府警察局主管民防業務副局長、主任秘書兼任，下設若干作業小組，負責辦理轄內民防綜合業務；警察分局（所）、警察分駐（派出）所應指派專責人員辦理轄內民防綜合業務。
七、設下列大隊（隊）、站：
（一）民防大隊。
（二）義勇警察大隊。
（三）交通義勇警察大隊。
（四）村（里）社區守望相助巡守大隊。
（五）山地義勇警察隊。
（六）戰時災民收容救濟站。
（七）醫護大隊。
（八）環境保護大隊。
（九）工程搶修大隊。
（十）消防大隊。
（十一）其他經指定之任務大隊。
前項第七款第二目至第五目，得視實際需要編組。
第一項第七款第十目所稱消防大隊，係指由直轄市、縣（市）政府消防局就所屬消防人員及義勇消防人員編成，其編組、訓練、演習及服勤，依消防相關規定辦理；執行民防任務時，消防人員及義勇消防人員應接受民防總隊指揮、監督、管制及運用。