在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層從事海洋科學研究，應經中華民國政府許可，並應接受其管制。中華民國政府於必要時得撤銷許可或暫停或停止其海洋科學研究活動。
在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層進行海洋科學研究活動，應遵守下列規定：
一、不妨礙中華民國在其專屬經濟海域或大陸礁層行使各項權利。
二、確保中華民國政府指派代表參與之權利。
三、隨時提供進度報告，並提出初步結論與最後結論。
四、隨時提供完整且不損其科學價值之資料複本、數據或樣本及各項評估報告。
五、確保研究資料利用過程中不得損害中華民國安全及利益。
六、在計畫有重大改變時，立即通知中華民國政府。
七、除另有協議外，不得調查海洋資源。
八、不得破壞海洋環境。
九、除另有協議外，在結束後立即拆遷各項研究設施或裝備。
十、其他相關法律及國際協定之規定。
第一項許可辦法，由行政院定之。