園區事業應分別備置原料（含半製品）、物料（含燃料）、產製之成品及機器、設備及供貿易用之成品帳冊，報請海關驗印，驗印後依海關規定詳細記錄原料、物料及成品進、出倉數量、倉庫結存數量、機器、設備、半製品之動態紀錄等，供管理局及海關隨時查核。
園區事業之帳冊以電子資料處理者，應將進出廠之有關資料，依規定期限輸入建檔，按月印製替代帳冊之表報；於次月二十日前印妥備查，並得以電子資料儲存。
第一項保稅帳冊之建立，管理局得依實際情形，要求園區事業設置電腦及相關連線設備，以電子資料處理有關帳冊，並由管理局會同海關設立農業科技園區保稅稽核管理資訊系統處理之。
園區事業進口之非保稅原料、物料，可與其他保稅原料、物料相互替代使用者，應一併登列於原料、物料帳管理，並於年度結算時分項列明，合併計算。