自償性交通建設計畫之財務計畫所列建設總經費，屬自償比例部分，由本基金編列預算籌措財源支應，包括賒借或洽請財政部代為發行乙類公債；其非屬自償比例部分，由本部依交通建設計畫之工程進度及資金實際需要，分年循預算程序由國庫撥充支應。
前項由國庫撥充支應部分，若國庫無法依工程進度及資金實際需要撥充時，得由基金先行以乙類公債以外之財源支應，其實際發生之利息，由國庫於以後年度撥充之。以發行乙類公債為財源者，於逐年編列附屬單位預算時，應針對乙類公債項目明列，洽請財政部代為發行後，撥交本基金運用。
乙類公債發行及還本付息等事宜，依中央政府建設公債及借款條例及中央公債經理辦法等相關規定辦理。