未通過一般安全查核者，不得於資安院任職；未通過特殊安全查核者，除有第三項規定之情形外，不得擔任第三條第一項附表及同條第二項公告所列職務。
於完成一般安全查核前已受任用之人員，嗣未能通過查核者，資安院得不經預告即終止與該人員之聘僱契約。
除擬任職務為資安院專任董事長或院長外，應徵或擬任用人員有未通過特殊安全查核之情形，應聽取該人員之意見，並考量未通過之原因、情節與擬任職務之性質，審酌該人員擔任第三條第一項附表及同條第二項公告所列職務是否有危害國家安全或重大利益之虞，以決定是否任用該人員或續行遴選程序。