中央主管機關為調度後，直轄市、縣（市）主管機關或執行機關應遵守下列規定：
一、申請調度機關：
（一）支付被調度機關所定現有大型焚化廠收受其他直轄市、縣（市）一般廢棄物進廠處理費用。但雙方另有約定者，不在此限。
（二）提供足量清除機具，並於調度期間清除完畢。
（三）進廠車輛、一般廢棄物種類及數量應符合被調度機關管理及作業規定。
（四）確實執行一般廢棄物減量及資源回收目標。
（五）維護一般廢棄物堆置之環境衛生。
（六）其他中央主管機關指定事項。
二、被調度機關：
（一）收取一般廢棄物進廠處理費用，原則不得高於其一般事業廢棄物最低收費標準。
（二）於中央主管機關所定調度期間執行一般廢棄物處理調度工作。但因故未能執行完畢者，得於期限屆滿前向中央主管機關申請延長二個月。
（三）調度期間民意溝通及敦親睦鄰相關事宜。
（四）其他中央主管機關指定事項。
現有大型焚化廠處理中央主管機關調度之一般廢棄物後，其焚化後之灰渣或焚化再生粒料回運比率，由申請調度機關及被調度機關自行協商；如焚化再生粒料再利用管道受阻，則由中央主管機關依相關規定協處。