船舶運送業變更組織、名稱，應先報請航政機關核轉主管機關許可，並於依法辦妥公司變更登記後三十日內，填具許可證換發申請書（如附件三）、變更登記申請書（如附件五）及變更對照表（如附件六）連同換證費，申請航政機關核轉主管機關換發船舶運送業許可證。
船舶運送業變更地址、資本額、負責人、董事、監察人、經理人，應於辦妥公司變更登記後三十日內，填具變更登記申請書（如附件五）及變更對照表（如附件六、七），報請航政機關備查；分公司設立及其地址、經理人變更準用前段規定辦理。
船舶運送業公司旗幟、標誌圖變更，應報請航政機關轉報主管機關備查。