申請設立保稅倉庫，應備具下列文件向所在地海關登記：
一、申請書：應載明申請者之名稱、地址、負責人姓名、住址、身分證統一編號及電話號碼、公司統一編號、倉庫地點、建築構造及倉內佈置（附圖說明）、保稅倉庫擬存儲貨物之種類。
二、保稅倉庫建築物使用執照、所有權狀及其影本；如係租賃者，應另檢附租賃契約與其影本及建物所有權人承諾書，載明同意該保稅倉庫經廢止登記時，其保稅貨物可繼續存放倉庫至少六個月，以供海關處理保稅貨物。但設置於國際港口、國際機場之管制區內者，免檢附前開建物所有權人承諾書。
三、須使用倉庫露天處所者，應另備具倉庫露天處所平面圖與其使用權證件及其影本。
四、保稅倉庫自行審查表（如附表）。
申請設立存儲第三條第二款貨物之保稅倉庫者，以輪船公司、航空公司或其委託之運輸工具所屬業者為限。
申請設立存儲第三條第六款危險品之保稅倉庫，應另檢附當地消防機關或有關主管機關出具對設置地點及庫內安全設備之同意文件。
申請設立存儲第三條第七款辦理重整貨物之保稅倉庫，應另檢送所需使用之設備清單。
申請設立存儲第三條第九款展覽物品之保稅倉庫，應另檢送陳列展覽物品辦法或展覽計畫書。