中央主管機關應會同各中央目的事業主管機關訂定整體海洋保護區管理政策方針，報請行政院核定後實施；其變更時，亦同。
前項整體海洋保護區管理政策方針內容，應包括下列事項：
一、政策目標。
二、海洋保護區之分類及分級。
三、海洋保護區之規劃及管理。
四、海洋保護區之監測。
五、海洋保護區之檢討及成效評估。
六、其他與海洋保護區管理有關之事項。
第一項整體海洋保護區管理政策方針實施後，中央主管機關應每五年至少檢討一次。
依其他法律規定劃設之海洋保護區，其保護區名稱、內容、劃設程序、辦理機關及管理事項從其規定，納入整體海洋保護區管理政策方針之一部。
整體海洋保護區管理政策方針涉及相關機關執行有疑義時，得由中央主管機關協調；協調不成者，報請行政院決定之。