依第六條第三項附表一之一規定於海域用地申請區位許可者，應檢附申請書如附表一之二，向中央主管機關申請核准。
依前項於海域用地申請區位許可，經審查符合下列各款條件者，始得核准：
一、對於海洋之自然條件狀況、自然資源分布、社會發展需求及國家安全考量等，係屬適當而合理。
二、申請區位若位屬附表一之二環境敏感地區者，應經各項環境敏感地區之中央法令規定之目的事業主管機關同意。
三、興辦事業計畫經目的事業主管機關核准或原則同意。
四、申請區位屬下列情形之一者：
（一）非屬已核准區位許可範圍。
（二）屬已核准區位許可範圍，並經該目的事業主管機關同意。
（三）屬已核准區位許可範圍，且該區位逾三年未使用。
第一項申請案件，中央主管機關應會商有關機關審查。但涉重大政策或認定疑義者，應依下列原則處理：
一、於不影響海域永續利用之前提下，尊重現行之使用。
二、申請區位、資源和環境等為自然屬性者優先。
三、多功能使用之海域，以公共福祉最大化之使用優先，相容性較高之使用次之。
本規則中華民國一百零五年一月二日修正生效前，依其他法令已同意使用之用海範圍，且屬第一項需申請區位許可者，各目的事業主管機關應於本規則中華民國一百零五年一月二日修正生效後六個月內，將同意使用之用海範圍及相關資料報送中央主管機關；其使用之用海範圍，視同取得區位許可。
於海域用地申請區位許可審議之流程如附表一之三。