綜合規劃司掌理事項如下：
一、環境政策與環境基本法規之規劃、研擬及推動。
二、年度施政方針、中程與年度施政計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、規劃、協調及管考；行政效能與為民服務工作之規劃、推動、督導及考核。
三、綠生活轉型政策、法規與淨零排放關鍵戰略之研擬、推動、協調、執行及督導。
四、綠生活轉型技術與商業模式之開發、推廣及應用。
五、環境科技發展、環保標章產品與綠色採購管理之政策規劃、法規研擬、推動、執行及督導。
六、環境永續發展之政策規劃、推動、協調、執行及督導。
七、國際合作之規劃、推動、協調、執行及督導；駐外人員之遴選、聯繫、監督及管理。
八、公害糾紛處理之政策規劃、法規研擬、協調、推動、執行及督導；公害糾紛事件審理、和解協議、裁決及指定管轄事項之協助處理。
九、環境檢驗測定與環境保護人力發展之政策規劃、法規研擬及指導。
十、其他有關綜合規劃事項。