動物防疫組掌理事項如下：
一、動物防疫政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、動物傳染病緊急防疫方案、計畫之規劃、訂定、推動及監督。
三、動物防疫、動物用藥品與獸醫醫療之資訊蒐集、疫情監測監控、預警、疫情通報及諮詢服務。
四、動物用藥品管理與畜牧場畜禽動物用藥監控政策、法規、方案、計畫之規劃、訂定、推動及監督。
五、獸醫師團體之輔導、交流、聯繫、監督、獸醫師登記管理與獸醫公共衛生政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
六、動物防疫、動物用藥品之研究發展及技術引進。
七、動物防疫、動物用藥品與獸醫醫療之檢查、檢驗標準公告及人員管理訓練。
八、動物用藥品製造、輸出入、販賣、使用、證照核發之審核、管理及監督。
九、化製場之消毒設備設置、消毒方法與消毒作業及場內獸醫師管理之查核、監督；原料運輸車消毒及密閉設備應辦事項之研擬。
十、其他有關動物防疫事項。